Sự kì thị hay định kiến đối với người Phi nhị nguyên thường xảy ra trong xã hội, pháp lý và lĩnh vực y tế. Cả người hợp giới lẫn người chuyển giới nam và người chuyển giới nữ, và cả người đồng tính nam, đồng tính nữ và song tính đều có thể bày tỏ sự kì thị.[120]

Phần lớn sự kì thị mà người phi nhị nguyên phải đối mặt thường bao gồm: coi thường, không quan tâm, hoài nghi, không tin, hạ cố tương tác, và thiếu tôn trọng.[121] Người phi nhị nguyên thường được xem như là những kẻ đua đòi theo phong trào, không thành thật, hay chỉ đang thu hút sự chú ý. Và như vậy, xoá bỏ sự hiện diện là hình thức kì thị lớn mà người phi nhị nguyên phải đối mặt.[121]

Bị tráo giới thường là vấn đề mà nhiều người gặp phải, có thể do vô tình hoặc cố tình. Trong trường hợp cố tình tráo giới của đối phương, chứng ghê sợ người chuyển giới dường như là nguyên nhân chính. Ngoài ra, việc dùng danh xưng 'they/them' còn liên quan tới chủ đề mang tính gây tranh cãi của những không gian an toàn (chỉ những không gian được tạo ra để cho những cá nhân bị tách biệt khỏi xã hội đến với nhau để giao tiếp với nhau về những trải nghiệm bị tách biệt) và sự đúng đắn chính trị,[122] từ đó dẫn đến sự do dự và việc cố tình tráo giới của một số cá nhân. Trong trường hợp vô ý, thường những người bị tráo giới sẽ cảm thông và tha thứ cho những người mắc lỗi.[123]